錫安山的歷史，是錫安子民血汗淚長流，使荒野變樂土的墾荒史；是錫安子民飽受特務政權政策性迫害的受難史；是新約教會聖徒被迫對邪惡政權誓死不屈的抗爭史；是新約教會全球眾聖徒同心建造伊甸樂園、基督國度的奮鬥史。
一九六三年，列國先知洪以利亞蒙神引領，上到這山，經過十多年的血汗經營，錫安山已成為甜美家園、人間樂土。但國民黨特務政權對錫安山和睦同居、大公無私的整體生活「起疑」，遂成立「清岳專案」，展開政策性的清除。
七○年代，國民黨誣告錫安子民，造成數起冤案；數次軍警大搜山，大搞白色恐怖；暗中挪移地界，將錫安山非法列入山地管制，進而橫行搶奪。
八○年代，錫安橫遭搶奪，錫安子民橫遭趕散，飄流小林河灘，搭棚棲身，等候回錫安。國民黨悍然夷平河灘帳棚、又誣告錫安子民「竊佔河川地」，以致十五人被判刑冤坐黑牢。國民黨為徹底摧毀錫安，不但洗劫錫安山上各家財物，又將錫安山大會所、守望樓及所有房舍全部夷平，連電線桿都全數鋸斷！如此暴行，喪心病狂！
國民黨又攔阻新約教會海外信徒來台遙望錫安，特設立「1206專案」，造成桃園機場事件。不但毒打海內外信徒近百人，又將十名信徒判刑監禁，幾乎關盡台灣各地監牢。國民黨還透過其八大情治系統，對台灣新約教會軍公教信徒展開全面性迫害。又操控媒體，顛倒是非，歪曲事實，中傷新約教會。不但如此，國民黨更對新約教會擴大迫害，從山上到山下，從台灣頭到台灣尾，從國內到國外。尤其施展暴力，毆打信徒，喋血街頭，震驚國際！新約教會為了真理正義，以血肉之軀、身家性命承受國民黨的全面性迫害，大公無畏，誓死不屈，抗爭到底！
一九八六年，新約教會終於戰勝強權凱歸錫安，見証真理至終得勝，正義至終發光，更見証錫安山的神是信實永存的全能者！此後錫安子民在錫安山重整家園，又照神的定律，從事有機種植、無毒經營。至今近二十年，錫安山已經譽滿天下，成為世人所羨慕的世外桃源、伊甸樂園、大同世界。而錫安仇敵蔣家王朝、國民黨因始終不肯悔改，沒有解決錫安山的問題，則如先知所預言的，遭天誅地滅，成為歷史名詞，分裂而亡！
錫安山的歷史誠然可歌可泣、多彩多姿。昔日以色列人出埃及後，神曉諭摩西，要將祂在埃及所行的事，殷勤教訓他的子子孫孫。參〈出 十三：8/9，申 六：5/9〉今日神的靈亦感動先知於二○○四年，在錫安山大會所的廢墟上興建錫安山歷史陳列館，將被拆毀的大會所照原尺寸在原地重建，又模擬當年被拆毀的部分實況，以見證國民黨的暴行。館中陳列錫安子民血汗淚長流建造錫安的過程與文物、飄流抗爭歲月的記錄，以見證錫安可誇的過去，並提醒神兒女對此過去勿遺忘；持定錫安的異象，繼續營造錫安，使聖經中指著錫安的預言與應許一一應驗。也使萬民因觀覽錫安的歷史而認識錫安的大君王——耶穌基督是獨一無二的真神救主，錫安是人類幸福的泉源，而領受救恩，與眾聖徒同享錫安命定的福。